Родилась 31 марта в 1972 году в городе Кемерово. После школы, в 1988 году, Алена поступила в Томский государственный университет на факультет прикладной математики и кибернетики. На первом курсе Бабенко попала по объявлению в «Студенческий театр миниатюр». Проучившись до пятого курса в Томском университете, Алена случайно познакомилась с интеллигентным москвичом, известным телережиссером Виталием Бабенко. Он и открыл Алене совершенно новый, необыкновенный мир. Алена вышла за него замуж и, бросив институт, переехала к нему в Москву. ВГИК Алена Бабенко окончила в 2000 году.

Не успев окончить ВГИК, Алена Бабенко уже дебютировала на экране. В сериале «Каменская» актриса снялась в нескольких эпизодах. Затем были небольшие роли в сериалах «Мамука» и «Остров без любви», мелодраме «Серебряная свадьба», других картинах.